Kezdetben a gyülekezet a lelkészek lakásán szervezett könyvtárat. Az evangélikus lelkészek, tanárok szoros kapcsolatban álltak a reformáció országával, Németországgal. Sokan látogatták közülük a wittenbergi, göttingai, hallei, lipcsei, jénai, erfurti egyetemeket. Egyesek ezeken az egyetemeken készítették doktori disszertációjukat. A külföldi tanulmányaikból hazatérve sok könyvvel gyarapították könyvtárukat, majd hagyományozás útján a kétségtelenül meglévő egyházi könyvgyűjteményt. Luther műveiből sok első kiadásban van meg könyvtárunkban, valószínűleg ebből a korból is származhattak, két könyvbe pedig Melanchthon saját kezűleg írt ajánlást.
A gyülekezeti könyvtár megszervezésére utaló első adat az 1666-ból való, Rothenburg ob der Tauber bajorországi kis városka számadáskönyvében található feljegyzés arról, hogy a városka 1666. július 9-én 10 rajnai tallért küldött „…zu der neu aufrichtenden Evangelischen Bibliothek zu Oedenburg in Ungarn.”
Payr Sándor egyháztörténész megemlíti, hogy egyházi és iskolai könyvgyűjteménye Sopronnak már korábban is volt, de most nagyobbszerű könyvtárra gondoltak”. Az említett rothenburgi számadáskönyv is „az újonnan felállítandó” könyvtárról tesz említést. A soproni lutheránusok valószínűleg azért fordultak segélyért Rothenburg városához, mert a város többségét alkotó evangélikusokat 1565-ben gyülekezetté szervező Gerengel Simon kilenc éven át rothenburgi lelkész volt (1556–1564), és még száz év múlva sem feledték el áldásos soproni szolgálatát.
A könyvtár létrehozásában kezdeményező szerepet játszott Zuana Menyhért Péter († 1666), aki két szakaszban is Sopron polgármestere volt (1651–53, 1657–63) és Lang Mátyás lelkész († 1682).
Karner Károly szerint Zuana Péter második polgármestersége idején adta az indítást a könyvtár megszervezésére. Zuana és Lang kiválóságát mutatja a gyülekezet tulajdonában lévő három régi olajfestmény. Az első Zuana Péter polgármestert ábrázolja „Inchoabat” (megkezdette) felirattal, Lang Mátyás arcképének megjegyzése „Amplificabat” (bővítette, fejlesztette) t.i. a könyvtárat, a harmadik képen I. Lipótot láttuk ezzel a magyarázattal „hoc imperante” (az ő uralkodása alatt).
Az újonnan létesített gyülekezeti könyvtár alapítási idejével kapcsolatban meg kell említeni, hogy a nem sokkal azelőtt (1657–58) megnyitott magyar gimnáziumnak – a Líceum elődjének – volt már iskolai könyvtára, mely főleg tankönyveket, tanítási segédkönyveket tartalmazott. Pl. Melanchthonnak „Loci theologici” című 1659-ben megjelent kiadásában (Ld 629) már ott található a könyvtár pecsétje, jelezve, hogy az iskolai könyvtárat valószínűleg a gyülekezeteinek részlegeként kezelték.
A nagyjából az 1660-as évekre tehető alapítástól fogva a könyvtár adományok, hagyatékok és vásárlások útján gyarapította egyre tekintélyesebb állományát. Kezdetben a Szt. Mihály templom tornyában lévő ún. felső sekrestyében, a lelkészi dolgozószobában helyezték el (1667), majd a templomok elvételét követően minden bizonnyal gazdagabb polgárok magánházaiban őrizték. nem sokkal később, 1708-ban már bizonyosan a konvent a paplakban rendezte be a könyvtárat, amelynek felügyelője mindig a rangidős lelkész volt.
1782-ben a könyveket fel kellett vinni a padlásra, mert az új – ma is használatos – templom építése idején a könyvtárhelyiségben és a könyvtáros lelkésznek, Torkos Józsefnek lakásán tartották az istentiszteleteket. Torkos József lelkész szentelte fel az új templomot 1784. január 1-jén. A templom elkészülte után Gamauf Sámuel lelkész, Gamauf Teofil történész lelkész nagybátyja rakta ismét helyére a könyveket.
Az 1825. év végére elkészült az Evangélikus Líceum új épülete. Ekkor konventhatározattal a gyülekezeti könyvtárat áttelepítették a líceum épületébe, és az iskolai könyvtárral egyesítették. Az első közös könyvtáros Hetyésy László líceumi tanár volt. Ettől kezdve a könyvtáros a konvent által kinevezett líceumi professzor volt, aki könyvtárosi munkája fejében a líceum épületében ingyen lakást kapott.
A líceum államosításakor a régi gyülekezeti könyvtárat ismét leválasztották, a teológiai tárgyú műveket visszaadták az egyháznak. A könyvállománynak az egyház, a gyülekezet tulajdonába való visszaadásánál felbecsülhetetlen értékű, szakszerű munkát végzett Prőhle Jenő (1909–1986), a líceum akkori igazgatója, a könyvtár vezetője, aki a hitoktató lelkészekkel és néhány diák segítségével szállította át a gyülekezet által biztosított szobába a konventkönyvtár megőrzendő anyagát. A könyvek aztán változatos raktározási helyek után (sekrestye, egyházfi lakása, toronyszoba, templomi karzat) 1974-ben a Bünker köz 2. szám alatti gyülekezeti házban kialakított könyvtárba kerültek, ahol egészen 2015 elejéig álltak az érdeklődők rendelkezésére.
1974. november 11-én kelt leiratával a Kulturális Minisztérium az Országos Széchényi Könyvtár javaslatára a gyülekezeti könyvtárat muzeális értékű, védett gyűjteménnyé nyilvánította. Hasonló védetté nyilvánítást nyert a gyülekezeti levéltár is.
2015 eleje óta az 1884-ben népiskolaként megnyitott, majd az államosítás idején bíróságként működő, végül 2014. szeptembere óta gyülekezeti házként használt épületben a gyűjtemények többi egységével együtt a könyvtár is méltó helyet kapott.